До сих пор среди учёных нет единой точки зрения, как это животное попало в Байкал. Большинство исследователей придерживаются точки зрения о том, что нерпа проникла в Байкал из Ледовитого океана через систему рек Енисей-Ангара в ледниковую эпоху, одновременно с байкальским омулем. Другие учёные не исключают возможности её проникновения по Лене, в которую, как предполагают, был сток из Байкала. Предки нерпы обитали в северных морях Ледовитого океана многие миллионы лет назад. Около 2-2,2 млн. лет назад произошло их отделение от предков родственных видов. Японские учёные считают, что это произошло всего лишь 380 тысяч лет назад. Тогда предки байкальской нерпы отделились от предков кольчатой нерпы, 640 тыс. лет назад — от предков каспийской нерпы. Лена тогда вытекала из Байкала, а на территории Восточной Сибири находились пресноводные водоёмы, образовавшиеся от таяния ледников. Великие Сибирские озера занимали огромные пространства и существенно сократили пути миграции предков нерпы в Байкал. Кстати, нерпа до сих пор сохранила способность заходить в реки и преодолевать сотни километров! Похоже, что пранерпа нашла в Байкале подходящие условия и быстро приспособилась к особенностям древнего водоёма (а Байкалу более 20 млн. лет) , превратясь в отдельный вид тюленей — в байкальскую нерпу.